En el año 1998 se empezaron unas excavaciones arqueológicas para llegar a conocer la estructura originaria del inmueble; de las investigaciones efectuadas resulta que, a pesar de la larga lista de obras que se han realizado en los últimos años, la fortaleza conserva buena parte de su trazado y alzados originales.
Otra posibilidad es que los muros no se llegaran nunca a alzar completamente. Esta sería una circunstancia extraña, por que implicaría que la torre se habría construido primera, marcando así los arranques de los lienzos, y no todo a la vez.
Los investigadores que realizaron las excavaciones arqueológicas dan más por acertada la primera hipótesis y también suponen que la puerta que permite el acceso desde un rellano de la escalera al adarve actual, en el lado sur de la torre del homenaje, hubiera sido construida por iniciativa del barón y gracias al empleo de sillería consigue un aspecto más antiguo. La duda sobre la cronología del desmoche de los lienzos surge a causa del moderno aspecto de las ventanas situadas en la torre del homenaje que no ocultan el uso del cemento, contrastando por lo tanto con el aspecto del vano de acceso a la torre.
Probablemente el acceso primitivo no debía estar justo en frente de la puerta del recinto principal, sino en el otro extremo del mismo flanco o en algunos de los laterales desaparecidos, obligando al que entraba a recorrer, desprotegido, el corredor entre barbacana y castillo.
También las plataformas de las torres del recinto han sido retocadas; los pretiles son todos nuevos y sobre los cubos occidentales se han reconstruido dos cámaras.
Para llegar a determinar con exactitud lo que es restauración moderna, lo que es original y si hay una fase intermedia en la que se modifica la distribución interna de la torre, sería necesario un estudio exhaustivo, que incluyera la limpieza de los parámetros interiores.
Sin embargo, según el estudio efectuado, se puede afirmar que al exterior los cambios principales son los que afectan las partes altas del muro y de las torres y a algunos tramos de la barbacana, y al interior son los que han interesado a la distribución interna de la torre del homenaje y al primer piso, que es una especie de entresuelo.
De los dos últimos propietarios citados el primero vendió en 2003 su mitad de la propiedad al Ayuntamiento de San Martín de Valdeiglesias: las dos partes firmaron un acuerdo por el cual al Ayuntamiento pagó este cincuenta por ciento con terrenos, en concreto con diecinueve parcelas de titularidad municipal. El otro propietario, al que también se le ofreció la posibilidad de comprar la otra mitad, prefirió ceder su cincuenta por ciento sin contraprestación económica, para crear la Fundación Castillo de la Coracera, con la intención de que sirviera, según determinan sus Estatutos, para realizar obras de restauración y rehabilitación del Castillo de cara a su futura apertura al público y para “promover el desarrollo cultural, artístico, formativo, medioambiental, económico y turístico de San Martín de Valdeiglesias y su comarca”.
El 29 de Marzo de 2003 se firmó el acto de constitución de la Fundación, cuyos Co-Presidentes son D. José Fernando Cornejo Pablos y el Alcalde de San Martín de Valdeiglesias, D. Pablo Martín Cabezuela
En la actualidad el Castillo de la Coracera se encuentra en reformas para convertirlo en un centro de estudio enológico y se convertirá en el futuro Museo del Vino de Madrid.